Fondato nel 1994, è il maggior istituto museale a carattere scientifico-naturalistico delle province di Avellino, Benevento, Caserta e Salerno. Rilevante è il Centro Ricerche CRMZ che coordina l'attività scientifica e pubblica i Quaderni del Museo Zoologico e l'Annuario C.M.I.

L'esposizione si snoda in due sale, che presentano i principali gruppi di Vertebrati. 

La prima sala ospita Pesci Cartilaginei e Pesci Ossei, la seconda Anfibi, Rettili, Uccelli e Mammiferi.

Merita particolare attenzione la collezione degli Squali, che presenta sia specie esotiche che mediterranee, espone il maggior numero di specie in Campania. Interessanti sono le collezioni di pesci ago e cavallucci marini. Particolare è la collezione di tartarughe terrestri europee. Degna di attenzione è la collezione di scoiattoli che presenta sia specie arboricole che terricole. Molte specie esposte rischiano l'estinzione a causa della distruzione degli ambienti naturali e dell'antropizzazione