La cappella di S. Michele a Corte insiste sul lato orientale dell'area palaziale dei Principi longobardi e, insieme alle cappelle di S. Salvatore e di S. Giovanni, ne delimita l'antico perimetro oggi definito dal Corso Gran Priorato di Malta, dalle vie dei Principi Longobardi e di S. Michele e dal vicolo di S. Giovanni a Corte. 

Tutto il piano di calpestio della chiesa è rialzato e si collega con il livello stradale madiante una rampa di scale che probabilmente non era l'unica via di accesso.Al limite settentroniale della facciata, infatti, un cavalcavia unisce la chiesa, se non al palazzao, all'area di corte. La parte basamentale di tale valico presenta elementi di riutilizzo di età romana. 

L'architettura della chiesa risente di forti influenze bizantine specialmente nell'articolazione complessiva dello spazio interno. Attraverso un triportico, oggi tompagnato, ci si immette in una semplice aula, forse il primitivo nartece, e quindi nell'unica navata della chiesa. Qui lo spazio si sviluppa in modo significativo nella zona terminale caratterizzata da un secondo triportico, con archi di diversa grandezza, che immette nel presbiterio sopraelevato.

Due scalette laterali, ripristinate verso la fine del XIX sec., conducono alla cripta semiterrata, adibita sin dalla fondazione a camera sepolcrale. Qui lo spazio è articolato intorno ad una colonna centrale di spoglio, in granito, che ha il capitello a forma di pulvino con motivi floreali altomedievali. Sulle pareti della cripta sono presenti tracce degli affreschi scoperti del Salazaro nel 1871 e risalenti al IX-X sec. 

Il bema termina con un'abside rivolta ad oriente: lo spazio appare tripartito dagli archi i quali sorreggono un tamburo quadrato molto alto che culmina in una piccola cupola ribassata. Nel XIV sec. La chiesa era dotata anche di una canonica e di un orticello annesso. La canonica potrebbe corrispondere ai resti di strutture coeve, tra cui una monofora tompagnata, che si trovano sulla sinistra del sagrato.