All'interno dell'Orto botanico, ospitato in un edificio seicentesco, il museo comprende due sezioni: quella di paleobotanica dove sono esposti reperti fossili che testimoniano l'evoluzione delle piante terrestri dal Siluriano (400 milioni di anni fa) ai giorni nostri; di rilievo la costruzione tridimensionale, in ferro e vetroresina, di un albero filogenetico (alto 2.50 e largo 3 m.), che illustra la comparsa e l'evoluzione dei principali gruppi delle piante terrestri.

La sezione di etnobotanica presenta oggetti in materiale vegetale provenienti da Messico, Amazzonia, Borneo, Sumatra e Filippine. Tra gli oggetti provenienti dalle Filippine, si segnalano i cestini ottenuti dall'intreccio di fibre chiare di una palma (corypha elata) e dalle fibre scure ottenute dalla felce (Lygodium japonium) utilizzate come contenitori per una miscela masticatoria ad azione tonica e stimolante.