Difatti, è stato fondato nel 1882 in stretto rapporto con le annesse Scuole Officine nel tentativo di raggiungere una riqualificazione, a livello tecnico e stilistico, delle giovani leve da impiegare nelle industrie napoletane, depositarie di antiche tradizioni nell'ambito della ceramica, ebanisteria, arte dei metalli e oreficeria.

Animatori del progetto, di respiro europeo, sono stati tra gli altri il principe Gaetano Filangieri, gli artisti Filippo Palizzi, Domenico Morelli, l'arch. Guglielmo Raimondi, Giovanni Tesorone. A questa stessa equipe di docenti si deve anche il progetto della facciata che, malgrado sia andata semidistrutta in occasione dei bombardamenti nel corso dell'ultima guerra, ancora costituisce un eloquente manifesto di tale importante istituzione.

Un grande salone accoglie una campionatura dei prodotti delle Officine della Scuola, dal 1882 al 1899: vasellame e pannelli di ceramica, metalli, lavori di ebanisteria e gioielli, tutti lavori condotti all'insegna di una grande perizia tecnica e approfondite ricerche a livello formale e ornamentale. 

L'ala sinistra del Museo è interamente dedicata alle collezioni di oggetti d'arte applicata, acquistati direttamente dalle fabbriche italiane e straniere, operanti a cavallo tra Otto e Novecento, oppure pervenuti attraverso generose donazioni. Vasellame ceramico ritrovato a Cuma e Teano e reperti egiziani compongono la sezione archeologica, ricca anche di una raccolta di stoffe copte (IV-VI sec.) in attesa di restauro. 

Attraverso i manufatti esposti nella prima sala è possibile seguire le più importanti esperienze manifestatesi a Napoli, e in altri centri del Regno, nel campo della ceramica: dalle mattonelle quattrocentesche provenienti da chiese della città alle maioliche di Castelli, dalle porcellane delle manifatture borboniche alle terraglie delle fabbriche Giustiniani e Del Vecchio. 

Nel secondo grande salone troviamo vasellame di fabbriche italiane e straniere, prodotto con forme opulente ed all'insegna dell'eclettismo nel tardo Ottocento, una cospicua raccolta di vetri della fabbrica Salviati di Venezia, lavori di ebanisteria, oreficeria e metallo. Di grande interesse è la raccolta di mattonelle islamiche, ricca di esemplari databili dal XIII al XIX secolo, la quale è affiancata a manufatti orientali in porcellana, bronzo e smalto.

L'ala esterna del Museo, in fase di sistemazione, è dedicata alle arti applicate del Novecento. La raccolta comprende manufatti ceramici eseguiti su progetto di alcuni ben noti artisti italiani (Galileo Chini, Giò Ponti, Guido Andlovitz) e presso le più importanti fabbriche straniere (Sevres, Meissen, Rozemburg e altre), espressioni notevoli dell'evoluzione del gusto e di tecniche assai sofisticate.