La chiesa fu eretta agli inizi del XIX secolo in sostituzione della molto più antica Santa Maria della Croce. Essa era stata fondata in epoca angioina sul luogo detto "della Croce" e vi veniva venerata un'immagine della Vergine. 

Nel 1327 il Re Roberto d'Angiò la unì alla reale cappella di San Luigi, che si trovava sul sito dove attualmente si trova San Francesco di Paola. La compoagna di Roberto, Sancia di Maiorca, vi fondò un convento nel quale nel 1344 si rinchiuse col titolo di Suor Chiara di Santa Croce e qui venne sepolta nel 1345.

Al tempo della regina Giovanna II, poiché il convento si trovava fuori dalle mura, le monache vennero trasferite a Santa Chiara, dove furono traslate anche le spoglie di Sancia, delle quali però si è persa traccia. Il complesso della Croce versò in stato di abbandono fino a quando Alfonso I d'Aragona non lo dichiarò nuovamente cappella reale, affidandolo nel 1443 ai frati riformati di San Francesco. 

Nel 1774 i frati passarono al Gesù Nuovo, e il convento venne occupato dai cadetti. Nel 1778 il complesso venne distrutto per far posto al palazzo del principe di Salerno. La chiesa sopravvisse fino al 1810, quando venne a sua volta annientata.