La chiesa venne fondata agli inizi del XVII secolo grazie ad un donativo di 6000 ducati fatto ai padri Pii Operai da un certo Giovan Battista Burgo, che era stato da loro assistito. Le clausole testamentarie del donatore stabilivano che la cifra doveva essere destinata alla costruzione di una chiesa in onore di San Nicola. 

I lavori, iniziati nel 1647, secondo le fonti su disegno di d'Onofrio Gisolfi, subirono un'interruzione durante la peste del 1656 e vennero completati nel 1682 da Cosimo Fanzago.

Nel Settecento la facciata venne rifatta da Salvatore Gandolfo su progetto di Francesco Solimena. Durante il decennio francese, espulso l'ordine, il tempio ospitò il Corpo del Genio. Nel 1843 la chiesa venne restaurata dall'architetto Guglielmo Turi.

Sempre del Solimena sono i lunettoni ai lati dell'ingresso con la Predica di San Giovanni Battista e la Predica di San Paolo. Il grande dipinto sulla porta con San Nicola che allontana i demoni dall'albero si deve a Paolo De Matteis (1712 circa).