Sorta nella prima metà del XVI secolo ad opera di alcuni sacerdoti che intendevano creare uno ospizio per vecchi preti, la chiesa si presenta, attualmente, nella sua facciata, rispetto alla cortina dei palazzi circostanti, di piccola dimensione. 

Questo non annulla il prestigio della sua storia che non è da meno rispetto agli altri edifici religiosi circostanti. Almeno la presenza di un uomo che sarà poi annoverato tra i 54 santi patroni di Napoli, San Gaetano da Thiene nel 1533 che si prodigò per la cura dei religiosi, ne dimostra il prestigio in quel contesto storico. 

Combinata su due registri di cui il primo, con portale e lesene ai lati in stile ionico con festoni tra le due volute (detto alla michelagnolina) secondo il nuovo gusto dell'epoca e l'altro con grande finestrone e timpano perfettamente triangolare; la facciata, in seguito ad un recentissimo restauro, si presenta completamente di grigio monocromo.

L'interno, a navata unica e cappelle laterali, è interamente imbiancato, ciò non impedisce la lettura degli stucchi restaurati e ricomposti negli anni 60. 

A parte due pregevoli monumenti funerari di nobili benefattori, in corrispondenza dell'altare, colpisce la forte elevazione della cupola.

Questo artificio all'epoca creava una forte luminosità generando quel senso di teatralità che sarebbe poi stato caro alla tradizione barocca. Attualmente la chiesa non presenta dipinti perché conservati nei depositi della Soprintendenza e della Curia Arcivescovile.

La chiesa è intitolata a S.M. della Misericordia per le opere caritatevoli che consistevano nell'assistere gli infermi, seppellire i morti e alloggiare i pellegrini. Successivamente, conosciuta come la Misericordiellla, sia per le dimensioni e sia per la notorietà della più famosa parrocchia vicina intitolata, nel 1653, alla Misericordia dal cardinale Ascanio Filomarino. 

Tra le personalità di spicco che soggiornarono in tale chiesa, si segnala anche il fondatore dei Chierici regolari minori, San Francesco Caracciolo e per un giorno, anche papa Pio IX che fece visita alla confraternita, alla chiesa e all'ospedale dei sacerdoti.